Međunarodni i državnopravni status Bosne i Hercegovine počivao je od Berlinskog kongresa evropskih sila na 25. članu Berlinskog ugovora. Po tom članu je Austro-Ugarska dobila saglasnost da "okupira i upravlja” ovim pokrajinama. Taj status je počivao na sporazumu između Porte i Austro-Ugarske od 21. aprila 1879. godine, poznatom kao Istambulska ili Novopazarska konvencija, a određenje i po austrougarskom Zakonu o upravljanju Bosnom i Hercegovinom od 22. februara 1880. godine.

Berlinskim ugovorom garantirana su politička, vjerska i kulturna prava manjinama u svim balkanskim zemljama. Austro-Ugarska je dobila pravo da na području Novopazarskog sandžaka drži svoje garnizone (u tri mjesta oko pet hiljada vojnika). Također je određena istočna granica Bosne i Hercegovine međunarodnim priznanjem granica Srbije, Crne Gore i Osmanskog carstva.

Istambulskom konvencijom je istaknuto da "činjenica okupacije ne vrijeđa suverena prava” sultana nad Bosnom i Hercegovinom, te da se garantira sloboda vjeroispovijesti svim stanovnicima ovih pokrajina. Muslimanima se posebno jamčila lična i imovinska sloboda i sigurnost, kao i pravo da održavaju veze sa duhovnim poglavarom (šejhul-islamom) u Istanbulu, kao i da ističu zastave na vjerskim objektima. Osim toga, a što je bilo veoma značajno, Konvencijom se Austro-Ugarska obavezala da se svi prihodi Bosne i Hercegovine mogu koristiti isključivo za upravu i potrebe ovih pokrajina.

Austro-Ugarska je uputila sa okupacionim korpusima i veliki broj činovnika sa zadatkom da obrazuju novu vlast. Ta vlast se, usljed oružanog otpora muslimanskog stanovništva, nije u cjelini mogla uspostaviti sve do 1. januara 1879. godine. Umjesto civilne vlasti djelovale su vojne komande, ratni i prijeki sudovi, žandarmerija i policija. Austro-Ugarska je u Bosni i Hercegovini kao represivne snage zadržala šest divizija sa 50.000 vojnika, zatim žandarmerijski korpus sa 3.091 ljudi, pandurski korpus od 952 repatriranih hercegovačkih ustanika - izbjeglica, te policiju od 338 zaptija. Taj glomazni vojno-policijski aparat, dobro organizirana špijunska mreža saradnika, nerješavanje agrarnog i ostalih pitanja, bili su dovoljni za neprekidno nezadovoljstvo svih bosanskih naroda.

Tek formiranjem Zemaljske vlade za Bosnu i Hercegovinu sa sjedištem u Sarajevu otpočela je funkcionirati civilna uprava (689 činovnika), sa komandantom okupacionog korpusa na čelu. Austrougarska je, kako navodi Mustafa Imamović u studiji o Bosanskom ustavu iz 1910., ”u biti zadržala zatečenu administrativnu organizaciju u Bosni i Hercegovini, pravni poredak, poreski sistem i postojeće stanje agrarnih odnosa”.

Bivši vilajet Bosna postao je Reichsland, sandžaci ili live postali su okruži (Kreise), dok su kaže pretvorene u kotare (Bezirke). I u pravosuđu je zadržana osmanska organizacija sudstva. Pri svim kotarskim (sreskim) sudovima postojali su i šerijatski sudovi za porodične i nasljednopravne poslove muslimana.

Pri Vrhovnom zemaljskom sudu (Landesgericht) u Sarajevu radio je Vrhovni šerijatski sud u svojstvu apelacije. I u organizaciji Zemaljske vlade zadržan je raniji osmanski sistem. Zakonom o upravljanju Bosnom i Hercegovinom (od 22. februara 1880) vrhovna upravna vlast nad privremenom upravom povjerena je zajedničkoj austrougarskoj vladi, u čije je ime administraciju vršilo Zajedničko ministarstvo finansija. Pri tom ministarstvu u Beču je postojao Bosanski biro sa oko 60 činovnika koji je preko Zemaljske vlade u Sarajevu upravljao poslovima Bosne i Hercegovine. Zemaljsku vladu su sačinjavali zemaljski poglavar (Landesschef, umjesto ranijeg valije), civilni adlatus i šefovi odjeljenja. Zemaljski poglavar je istovremeno bio komandant okupacionog korpusa.

Nosilac stvarnog suvereniteta Bosne i Hercegovine bio je austrijski car, a Bosna i Hercegovina je, ustvari, za čitavo vrijeme bila u složenom ustavnom sistemu Habsburške monarhije, posebno područje - corpus separatom - nad kojim su, pored cara, svoje ingerencije imali Zajednička vlada, vlade Austrije i Mađarske, zakonodavna tijela tih država i delegacije kao zajedničko parlamentarno tijelo.

Austrougarsku okupaciju zemlje i prelazak iz islamskog-orijentalnog u evropski i kršćanski civilizacijski krug bosanski muslimani su doživjeli kao strahovit udar. To je predstavljalo, kako piše dr. Muhsin Rizvić, “opšti poremećaj njihovog psihičkog i društvenog bića”. Otuda i njihov ogorčeni oružani otpor ovoj neočekivanoj promjeni. To, opet, Austro-Ugarska nije očekivala. Ona je u političkim instrukcijama generalu Filipoviću uoči početka izvođenja operacija zaposjedanja zemlje naglasila da se muslimanskom stanovništvu obrati naročita pažnja i pruži posebna zaštita. Jer ”muslimani ne samo da imaju najveći zemljišni posjed nego predstavljaju relativno najnapredniji I najprosvjećeniji dio stanovništva”. Data je i preporuka da se muslimani dovode u bliži kontakt sa katolicima, tj. da se spriječi njihovo približavanje ili eventualni savez sa pravoslavnim stanovništvom.

Nakon što je doživio vojnički poraz u očima čitave Evrope, a time i svoj stručni i moralni poraz, general Filipović je samoinicijativno promijenio stav carske vlade prema muslimanima. On ih je tokom operacija u svom političkom izvještaju od kraja augusta 1878. godine nazvao ”divljom i poživotivljenom gomilom”, koja se “može dovesti do ljudske svijesti potpunim razoružanjem i postupnim približavanjem administraciji koja je uređena na strogim zakonima”. Od tada je odnos ovog neslavnog vojskovođe i njegovih komandi bio prema “poživotinjenoj gomili” više nego surov.

Dok je trajao rat, pa i nekoliko mjeseci nakon poraza muslimansko-bošnjačke narodne vojske, austrougarske vojne vlasti su hvatale, strijeljale, vješale, odvodile u zarobljeništvo ne samo vođe otpora, nego i nedužno stanovništvo, čija su naselja izlagana represalijama, kontribucijama, a ono raznim mučenjima i ponižavanjima. Prijeki vojni sudovi su u gradovima, u cilju zastrašivanja, vršili javna vješanja vođa otpora. U Sarajevu je, po naređenju generala Filipovića, javno obješeno devet najistaknutijih vođa. Među njima najsposobniji i najuporniji Muhamed Hadžijamaković, čije je držanje na stratištu pred okupljenim i nasilno dovedenim narodom ostalo pokoljenjima za primjer kako se čuva lično dostojanstvo i umire za slobodu svoje zemlje.

Dugo vremena Bosna i Hercegovina je bila preplavljena vojnim garnizonima i žandarmerijskim, policijskim i finansijskim organima i ustanovama. Po selima i manjim gradovima su djelovali i specijalni agenti koji su pronosili glasove kako “sultan poklanja obrađene čifluke i dijeli novce onim muslimanima koji pobjegnu i isele se u Tursku”. Cilj je bio da se što više ljudi iseli i umjesto njih dovedu kolonisti iz Monarhije.

General Filipović je sa činovnicima, koje mu je uputio hrvatski ban Ivan Mažuranić, pojačano radio na tome da se utjecaj Hrvatske što više proširi u Bosni i Hercegovini. Činio je to naročito uvođenjem imena, jezika i latiničkog pisma. Kako to nije odgovaralo austrijskim političkim planovima, on je smijenjen, a na njegovo mjesto došla je ličnost pogodna da, uz pojačanu političku pažnju prema Srbima, provodi austrougarsku politiku i otvara proces postepene orijentacije na stvaranje posebne bosanske nacije.

Tim austrougarskim planovima je pogodovalo i postojanje jedne, među muslimanima, pomirljive struje koja je bila "favorizirana od zemaljske vlade i bila spremna za sporazumijevanje i prilagođavanje”. Bili su to ljudi iz viših feudalnih i trgovačkih krugova i iz dijela uleme koji nisu učestvovali u oružanom niti u bilo kojem drugom obliku otpora prilikom okupacije zemlje.

Po nagovoru generala Filipovića, pedeset muslimanskih privrženika okupacije (22 posjednika, 15 vjerskih službenika i 13 trgovaca) uputili su austrijskom caru adresu - peticiju u kojoj su tražili otcjepljenje od sultana, prekidanje svih veza sa islamskim vjerskim poglavarima u Istanbulu, postavljanje vjerskog poglavara ”iz naše sredine”; u peticiji su naveli da se priznaje kruna Habsburga, a izrazili su i želju da Bošnjaci muslimani služe u regularnoj austrougarskoj vojsci. Ova poklonstvena delegacija je, početkom decembra 1878. godine, otišla ”da zahvali caru na okupaciji”, a deputacija sličnog sastava upućena je iz Hercegovine u Beč i Budimpeštu nešto ranije.

Nakon sporazuma između Beča i Istanbula, uz saglasnost šejhul-islama, za bosanskog muftiju je postavljen Mustafa Hilmi H. Omerović, koji je uz to dobio i ovlašćenje da može imenovati sve vjerske službenike i šerijatske sudije. Proces duhovnog i političkog odvajanja bosanskih muslimana od Istanbula okončao je novi zajednički ministar finansija Benjamin Kalaj (Kallay), koji je pod utjecajem sarajevskih muslimana caru predložio muftiju H. Omerovića za bosanskohercegovačkog reisul-ulemu. Tako je austrijski car, oktobra 1882. godine, donio odluku o njegovom postavljenju, kao i o imenovanju članova Ulema-medžlisa.