Prvobitna naklonost Bošnjaka muslimana prema NDH imala je svoj korijen u svijesti da je iza novoformirane hrvatske države stajala Hitlerova Njemačka, koja se pojednostavljeno smatrala političkim i civilizacijskim nasljednikom bivše Habsburške monarhije, čiji se režim i poredak 22 godine nakon proglašenja Kraljevstva SHS većini bosanskomuslimanskog stanovništva činio idealom dobre uprave koja je štitila svačija prava i interese.

Kada je 10. aprila 1941. u Zagrebu proglašena NDH, većina bosanskih muslimana, uključujući političke i vjerske elite, nije imala pouzdana saznanja o karakteru ustaškog pokreta niti je mogla naslutiti u kojem pravcu će ići izgradnja ustaške države. Neznanje pomiješano s naivnim optimizmom i nadanjem utjecalo je na to da su Pavelićeve poruke o “bošnjačkim muslimanima” kao “krvi naše krvi” i “cvijetu naše hrvatske narodnosti” mnogima izgledale kao hvale vrijedan zaokret u pravcu pune jednakosti muslimana s drugim bosanskim narodima i vjerama.

U tom duhu su prvaci Islamske zajednice, reisul-ulema Fehim Spaho, član Ulema-medžlisa hafiz Muhamed ef. Pandža te predsjednik Organizacije ilmije “El-Hidaje” Mehmed ef. Handžić, izrazito pozitivno pisali i govorili o NDH nakon ranih izjava ustaškog vodstva “bošnjačkim muslimanima” i naklonosti ustaške države prema njima, vjerujući da će višestoljetna hrvatska uljudba uz njemačku potporu biti sigurna garancija izgradnje novog državnog poretka na principima pravde, poštenja, slobode i jednakosti.

Kada je riječ o stavovima političke elite, ona je u aprilu 1941. bila prilično rasuta i dezorijentirana, što je otvorila vrata da se na političku pozornicu međe bosanskim muslimanima, voljom vlasti u Zagrebu, popnu ranije uglavnom marginalni pojedinci koji su sebe smatrali hrvatskim nacionalistima, poput osnivača prohrvatske Muslimanske napredne stranke iz austrougarskog razdoblja Ademage Mešića te aktivnog pristaše HSS-a Hakije Hadžića, a koji su u ustaškoj NDH odmah vidjeli konačno ostvarenje i nezavisne hrvatske države.

Međutim Paveliću je bilo važno da uz ustaški režim pristane neko utjecajnije ime među “bošnjačkim muslimanima”, pa je u novembru 1941. u ustašku vladu ušao Spahin nasljednik na mjestu predsjednika bivšeg JMO-a dr. Džafer-beg Kulenović, osoba koja svojim političkim umijećem i autoritetom nije bila ni sjenka nekadašnjeg neupitnog političkog vođe bosanskih muslimana.

S druge strane, većina muslimana u Bosni ni u Kulenoviću, ni u Hadžiću, ni u njihovim pristašama koji su bili u međusobnoj zavadi oko političkog prestiža, nije gledala svoje predstavnike, što je dodatno pridonosilo stvaranju pukotine u odnosima između NDH i njezinih bosanskomuslimanskih podanika.

Pozitivno raspoloženje muslimana prema NDH trajalo je veoma kratko, od aprila do jula 1941, nakon čega je muslimansko stanovništvo, u glavnini uzevši, imalo odnos pasivne lojalnosti prema NDH, a s vremenom se i taj odnos mijenjao u pravcu sve izraženijeg udaljavanja, pa i otvorenog neprijateljstva i borbe protiv njega, posebno od jeseni 1943, kada Bošnjaci muslimani sve masovnije sudjeluju u jedinicama partizanske antifašističke vojske. No i u, tom kratkom razdoblju naklonosti, a napose nakon početka ustanka, množili su se primjeri netolerancije i uskogrudnosti koji su mnogim muslimanima, kako elitama tako i narodu, počeli otvarati oči prema uvidu da su tvrdnje o bratstvu i jednakosti katolika i muslimana u NDH bez ozbiljnijeg oslonca u stvarnosti.

Drugi krupan razlog udaljavanja bosanskih muslimana od NDH bili su nesmirujući teror i zločini ustaša nad Srbima te posljedice koje je protusrpska ustaška politika ostavila na taj položaj i sigurnost muslimanima. Divljanja ustanika u Kulen Vakufu, zločini u Ljubinju, istočnoj Bosni, kasnija zvjerstva poput onih u Koraju, stvorili su ozbiljne pukotine između ustaške vlasti i muslimana, koji su postajali sve svjesniji da ih ustaška država nije sposobna zaštiti i da je posredno postala prijetnja njihovom opstanku.

I dok su katolici teretili muslimane za glavna zlodjela “divljih ustaša” u kotarevima Bosanske krajine i Hercegovine, muslimani su se žalili da su mnogi bili uključeni u klanja i zatiranje srpskog stanovništva na nagovor ili pod pritiskom viših ustaških zvaničnika, a navođeni su i slučajevi da su ustaše iz Hrvatske dolazili u pravoslavna sela u Bosni, stavljali fesove na glavu a zatim vršile okrutna ubojstva nad mještanima dozivajući se muslimanskim imenima, kako bi se među “grko-istočnjacima” proširila vijest da muslimani kolju.

Zločini ustanika prinudili su muslimanske političke i vjerske ličnosti da rade na naoružavanju, što je rezultiralo formiranjem muslimanskih milicija u pojedinim sredinama, poput tuzlanskog kraja gdje je 22. decembra 1941. uz suglasnost Ministarstva domobranstva NDH došlo do formiranja tzv. Muslimanske legije bojnika Hadžiefendića. Potreba za ovakvih formacijama je rasla, pa je u okviru Odbora “Narodnog spasa”, koji je u augustu 1942. osnovala vjerska, kulturna i politička elita Sarajeva, pokrenuta inicijativa da se Hadžiefendićev koncept samoobrane proširi na druge krajeve naseljene muslimanskim življem.

Inicijativa nije provedena jer je Njemačka komanda nije odobrila, ali je poslužila kao oslonac Himmleru da pristupi formiranju 13. SS divizije. No regrutacija muslimanskih mladića u 13. SS diviziju, koji su u njoj vidjeli izvor sigurnosti i opskrbe, nije dovela do većeg pouzdanja muslimana u Nijemce. U septembru 1943. i ustaški i partizanski izvještaji pisali su o previranju i kolebanju među muslimanima, koji su bili svjesni da će Hitler izgubiti rat, ali nisu bili uvjereni da će velike zapadne sile dopustiti da vlast u Jugoslaviji nakon rata pripadne komunistima.

Ipak, od jeseni 1943. muslimanski živalj postao je svjestan da je partizanski antifašistički pokret najjača borbena snaga spremna da ih fizički zaštiti. Sve masovnija prisutnost muslimana u partizanskim jedinicama govorilo je u prilog osnovanosti riječi dr. Vladka Mačeka koji je jednom izjavio: “Muslimani će biti Poglavnikova Ahilova peta.”