Fašistička Italija kapitulirala je 8. septembra 1943. Napustili su garnizone u Novoj Varoši, Prijepolju, Brodarevu i Bijelom Polju, a njemačka vojska u povlačenju sredinom septembra iz Prijepolja i Pljevalja - prepuštala je vlast muslimanskim milicijama. No četnici su vrlo brzo preuzeli vlast u Prijepolju, Novoj Varoši i Bijelom Polju. Brojali su 3.000 ljudi, a njihova mobilizacija je bila u punom jeku. Prema izvještaju Drugog udarnog korpusa NOVJ od 21. septembra 1943, četnički komandanti dobili su uputstvo da promijene politiku prema muslimanima s namjerom da ne potpadnu pod uticaj partizana i da ih uvuku u svoje redove.

U izvještaju piše i to da u toj namjeri nisu uspjeli, niti je došlo do kakvih sporazuma između njih. Borci muslimanskih milicija i općenito muslimanski narod u Sandžaku bili su protiv saradnje s četnicima plašeći se novih zločina. Ali, prema Vojno-izdavačkom i novinskom centru koji je izdao publikaciju Četvrta Sandžačka brigada, Pačariz, Rovčanin, Juković, Sijarić i Hasanagić zagovarali su saradnju s četnicima i njemačkim trupama.

Četnici su zauzeli Prijepolje 11. i 12. septembra 1943, pri čemu su i oni i Nijemci imali velike gubitke. Nijemci su se povukli prema Pljevljima. U tom mjesecu četnici su kontrolirali Novu Varoš, Priboj, Prijepolje, Bijelo Polje, Brodarevo, Berane, Kolašin, Andrijevicu i Mateševo. Novi Pazar je kontrolirala Muslimanska milicija, a Pljevlja su nakon kapitulacije Italije držala tri puka Nijemaca iz 118. divizije. Ubrzo u Pljevljima dolazi do zaokreta. Druga proleterska brigada zauzima Pljevlja 22. septembra, a Muslimanska milicija joj se stavlja na raspolaganje. U Prijepolju su četnici ostavili svega 40 svojih pripadnika, pa partizani bez većih problema ulaze 26. septembra.  Nijemci se ne mire s tom situacijom i 15. oktobra operacijom Balkanski klanac ovladavaju gornjim tokovima Lima i Tare. U Pljevljima su prvo razoružali Italijane, a onda nakon nekoliko dana vratili nazad njih približno 800, s tim što su im podijelili po jednu pušku i svega 10-15 metaka. No, talijanskim oružjem naoružali su približno 400 boraca Muslimanske milicije.

Prema nekim  autorima, u vrijeme njemačke okupacije Sandžaka svaki odred Muslimanske milicije bio je obavezan dati određen broj ljudi za njemačke jedinice. Prema Džemailu Halilagiću, kojem je za knjigu „Sandžak bez Bošnjaka – velikosrpski zločinački plan“ iskaz dao Džemail Arnautović, vođe muslimanskih milicija koriste to novo stanje jer za odobrenje postojećeg stanja ili njihovo proširenje trebaju dozvolu Nijemaca. Ćamil Hasanagič u njemačkoj uniformi dolazi iz Priboja u Novi Pazar i traži odobrenje za formiranje pribojske Muslimanske milicije te od njih dobija nešto lahkog i teškog naoružanja. Hasanagić postaje njen komandant i formira dvije čete, jednu na čelu s Nedžibom Lapom i drugu koju vodi njegov brat Emin Hasanagić. Dobio je i dva njemačka oficira za obuku svojih boraca.

Ali NDH nije odustala od težnji za pripojenjem Sandžaka, za koji su imali interesa iz strateških razloga: Da se Srbija ne spoji s Crnom Gorom i tako ne izađe na more.  Podršku za taj cilj imali su i od Italije i od prijašnje italijanske Velike Albanije. Xhafer Deva, albanski upravitelj Mitrovice, nakon kapitulacije Italije formirao je privremenu vladu pod njemačkom okupacijom i uspostavio Drugu prizrensku ligu sa albanskim nacionalistima s ciljem etnički očišćene Velike Albanije. On se zalaže da se Sandžak podijeli između Albanije i NDH, a ako to ne bude moguće, u potpunosti ga predati NDH. No, zauzećem Sandžaka Nijemci su  spriječili takve namjere.

Priča o pukovniku Karlu von Krempleru

Njemačke okupacione vlasti odlučile su još u septembru 1943. da u Sandžak pošalju svoga oficira Karla von Kremplera, da radi na mobilizaciji pretežno bosanskih i sandžačkih muslimana u redove njemačkog SS-a i preuzme kontrolu nad muslimanskim milicijama. On je dobro govorio turski jezik jer je živio određeni period u Turskoj,  dobro poznavao mentalitet Balkanaca, posebno muslimana i imao je veoma dobre komunikacijske vještine. U oktobru 1943. preuzeo je lokalnu Miliciju sa sjedištem u Sjenici, koja je brojala 5.000 boraca te formirao SS-policijski puk samozaštite Sandžaka.

Karaula navodi da Krempler provodi igru laskanja neostvarenim autonomaškim ambicijama nekih muslimanskih uglednika, na jednoj strani, a na drugoj igra složenu igru s muslimanskim milicijama i četničkim formacijama. A prema autoru Bougarelu, Krempler nije uspio u većoj mjeri angažirati borce muslimanskih milicija zbog nedovoljne opremljenosti i slabe motivacije.

Jedan od onih koji su smatrali da će Sandžak pomoću Nijemaca uspjeti da stekne autonomiju u Srbiji te tako spasiti muslimansko stanovništvo od uništenja - bio je i Sulejman Pačariz. Zato ga je Krempler i postavio za formalnog komandanta SS-policijskog samodbrambenog puka, nastalog iz tri bataljona albanskih kolaboracionističkih trupa i jednog bataljona sandžačke Muslimanske milicije. Većina boraca Muslimanske milicije ostala je u ličnoj odjeći, sa oznakom jedinice na fesu, jer njemačka komanda nije mogla obezbijediti uniforme za više od jednog bataljona. U jednom trenutku puk je imao približno 2.000 boraca. Svi novi borci te milicije išli su na obuku u Rašku i Vučitrn gdje su ih obučavali folksdojčeri.

Američki historičar Munoz prenosi iz njemačkih izvora da je njihov zapovjednik Pačariz "bio vrlo živopisna osoba s izuzetnim vjerskim utjecajem na svoje ljude te ih je vodio dok je jahao crnog konja". Kako je Pačariz kod Nijemaca sticao sve više povjerenja, njegovu nadležnost su proširili i na Pljevaljski srez. Pljevaljskim odredom od 60 ljudi komandovao je prvo njegov brat Ešref Pačariz, kao zamjenik komandanta, a kasnije Nurko Selmanović i Derviš Čengić.

Kremplerova igra, posebno prema četništvu u Sandžaku, bila je iritirajuća za ustaške vlasti. Prema elaboratu Savića Markovića Štedimlije, kojeg je s ključnim informacijama poslao jula 1944. Ministarstvu vanjskih poslova NDH, Kremplerovo djelovanje u Sandžaku je izraziti negativno, jer radi na "podizanju četništva u Sandžaku" iako su se tome muslimanske milicije suprotstavljale. To za posljedicu ima ogorčenje u narodu te se takvim potezima "stvaraju pretpostavke za rad partizana, koji ovakovo stanje svagdje iskorišćuju". Krempler nastavlja svoju opasnu igru: u izvještaju UNS-u od 21. avgusta 1944. stoji da je zapovjednik Muslimanske milicije u Komaranu kod Brodareva Husein Rovčanin ubijen „po nalogu pukovnika Kremplera“ te da ga je naslijedio Rifat Hadžagić.

U februaru 1944. Krempler se susreo s viđenijim Sandžaklijama i obećao im da će Sandžak uskoro biti očišćen od partizana, da će se tu njemačke trupe zadržati te Sandžak uskoro postati dio Bosne, odnosno NDH pod čijom je okupacijom Bosna bila. On je čak početkom 1944. odobrio i osnivanje posebnog političkog tijela, nazvanog Muslimanska narodna zajednica u sklopu Albansko-muslimanske SS-legije, sa sjedištem u Sjenici, a zastupnik iz Prijepoljskog sreza bio je Sulejman Pačariz.

Donesena su i pravila Zajednice početkom marta 1944. U prvoj tački stoji da je njen cilj "da se brine za moralno, kulturno, prosvjetno, političko, ekonomsko i socijalno podizanje muslimana u Sandžaku" s ovlaštenjem da zastupa muslimanske interese pred njemačkim vlastima i donosi odluke koje se tiču svih oblika života muslimana u Sandžaku.

Muslimanska narodna zajednica održala je skupštine u svim sandžačkim gradovima. U skupštini održanoj u Pljevljima 15. marta 1944. učestvovao je iznimno veliki broj muslimana, približno 1.000. Krempler je očito imao ozbiljne namjere u vezi s Muslimanskom narodnom zajednicom, jer je 1. maja 1944. njemačkom povjereniku za jugoistok H. Neubacheru dao uputstva o slanju delegacije muslimana iz Sandžaka - u kojoj je bio i Pačariz - kako bi predložila neku vrstu samouprave Sandžaka u historijskim granicama pod pokroviteljstvom njemačkog Rajha.

Kako je rat odmicao, piše Mustafa Memić,  pojedinci i grupacije su prelazili u partizane pa je približno 1.500  muslimana Sandžaka i Crne Gore  učestvovalu u partizanskim brigadama: Drugoj, Četvrtoj i Petoj sandžačkoj, Sedmoj omladinskoj, Devetoj crnogorskoj, Prvoj kosmetskoj brigadi itd.

Pregovaračka uloga četnika Mustafe Mulalića

Vratimo se na januar 1944. kada se sukob u Sandžaku ponovo razbuktao. Pačarizova milicija je 16. na 17. januar podržala lokalnu njemačko-četničku inicijativu jugozapadno od Sjenice protiv Sedme partizanske i Četvrte proleterske brigade. Cilj je bio otvaranje komunikacije kroz Crnu Goru koju su držale sve bolje naoružane Titove snage. A četnici Draže Mihailovića nakon konferencije kod Gornjeg Milanovca 25-28. januara 1944. pokušavaju da se približe muslimanskom narodu i njegovim vođama uviđajući sve veći uticaj partizana među njima, kao i da sile Osovine polahko gube rat. Jedan od rijetkih četnika iz muslimanskog naroda Mustafa Mulalić imenovan je za posrednika u pregovorima četničkog vodstva i muslimanskih milicija.

On u svojim memoarima navodi da je imao kontakte s Pačarizom i Hasan-agom Zvizdićem, ali je očito da su bili neuspješni. To potvrđuje ustaški izvještaj od 30. marta 1944.  u kojem stoji da je odbio sve parizanske i četničke napade te je iskoristio kapitualciju Italije da se okrene protiv njih, a u tome su mu pomogli hodža Pačariz i Ćamil Hasanagić koji je tada bio komandant SS-jedinice u Priboju.

Sulejman Pačariz je i dalje tijesno sarađivao s Nijemcima. U Arhivu Jugoslavije nalazi se izvještaj Državne komisije za utvrđivanje zločina okupatora i njegovih pomagača u kojem stoji da je Muslimanska milicija, po naređenju Sulejmanovog brata Ešrefa, od 21. juna 1944. uhapsila troje partizanskih saradnika, Aliju Dačevića, Hajriju Dačević, Zarku Bajrović i još "sedmoricu pravoslavnih" te ih sve strijeljali na Trlici, na putu Pljevlja – Prijepolje.

Krajem ljeta 1944. Narodno-oslobodilački pokret bio je u punom zamahu.  Prvi proleterski  korpus NOVJ razbio je četnike i njemačke grupacije u zapadnoj Srbiji, te je 18. juna 1944. oslobođeno Valjevo, 20. Aranđelovac, a 28. juna 1944. Gornji Milanovac. Tito je proglasio opću amnestiju i time omogućio kolaboracionistima da pređu na njegovu stranu. Vođe muslimanskih milicija prihvataju saradnju s partizanima. Navodi se  da je to učinio Hamdija Bajraktarević iz Taševa. Prema Živkoviću, Pačariz to nije mogao podnijeti te je 1944. došlo do međusobnog sukoba, kada ga je Sulejman Pačariz i ubio.

Partizani napreduju u Sandžaku, a 22. septembra Muslimanska milicija im bez otpora predaje Pljevlja. Četnici su razbijeni na prilazima gradu i povukli se prema Bijelom Polju i Prijepolju. Četrnaestog dana oktobra 1944. dogodila se borba za Sjenicu. Muslimanska milicija je bila potpuno iznenađena napadom i povukla se u Dugu Poljanu. Iako su Nijemci 25. oktobra nakratko ponovo zauzeli Sjenicu, Muslimanska milicija je potpuno demoralizirana pa su njeni borci dezertirali i krili se po šumama. Mnogi su iskoristili poziv Josipa Broza Tita i Predsjedništva AVNOJ-a za opću amnestiju pripadnika neprijateljskh formacija, uz prijetnju da ako do utvrđenog roka ne pređu na stranu NOP-a biti proglašeni "izdajnicima naroda i da će biti izvedeni pred ratni sud".

Pačariz je nepokolebljiv i u decembru 1944. on i njegova porodica te puk Muslimanske milicije od 60 boraca kreće prema Sarajevu. Tu su nešto kasnije stavljeni pod komandu ustaškog generala Vjekoslava Maksa Luburića. Prema Živkoviću, u povlačenju su ga pratili njegov brat Ešref te njemu potčinjeni zapovjednik Iso Sadiković.

Među nekim historiografima smatra se da je američki historičar Antonio J. Munoz pouzdaniji kada citira zaplijenjenu njemačku građu: "Nekoliko stotina mladih ljudi koji su ostali u uniformama i uspjeli umaći Titovim partizanima stigli su u Sarajevo početkom decembra 1944. dobro naoružani i u dobrom stanju, sa hafizom Sulejmanom Pačarizom i njegovim načelnikom stožera majorom Ramizom Sipilovićem".

Kada je stigao u Sarajevo,  Pavelić mu je dao čin pukovnika (neki navode bez Pačarizovog pristanka) te mu dao ovlaštenje da mobilizira izbjeglice u novoformiranu "Sandžačku vojnicu". Pritom im je dozvoljeno da zadrže svoj identitet.

Šta se događalo u Sarajevu

Pačarizova milicija je u Sarajevu prvo odmarala nekoliko mjeseci, a onda su stavljeni pod komandu generala HOS-a Maksa Luburića, a po završetku odmora bila je uključena u odbranu Sarajeva na Ivan-sedlu, na putu prema Mostaru.

Tu su se vodile teške bitke, partizani su nadjačali pa su se Nijemci, ustaše i Pačarizova Muslimanska milicija morali povlačiti prema Sarajevu. Mnogi su i poginuli te je odlučeno da se povuku dalje prema Sisku, kasnije prema Zagrebu. U Sisku su bili uključeni u Drugi ustaški zbor koji je vodio Luburić te nakon reorganizacije pretvoreni u 30. jurišnu pukovniju unutar 18. hrvatske divizije HOS-a. Kada su počeli da se povlače prema Austriji, organiziranje još nije bilo završeno.

Nepotpuno informacije govore da se Pačariz za vrijeme boravka u Sisku i Zagrebu sastajao sa utjecajnim dr. Sulejmanom Mašovićem. On je bio voditelj internata za muslimanske đake i studente u okviru Hrvatsko-muslimanskog  kulturnog društva Narodna uzdanica. Mašovića su ustaške vlasti imenovale i za rukovodioca izbjegličkog centra u Maksimiru, gdje je svoj smještaj nakon Siska našla i Pačarizova milicija. Za Pačariza i njegovu porodicu osiguran je smještaj u Zagrebu u Narodnoj uzdanici. On je nagovarao Pačariza da  se sa vojskom NDH povuče u Austriju, pa je Pačariz nevoljko prihvatio njegov prijedlog. Početkom maja krenuli su premo slovensko-austrijskoj granici i Blajburgu sa 500-1.000 milicionera, procjene su različite.

Neprovjereni izvori govore da se Pačariz nakon nekoliko dana sa svojim vojnicima  neobjašnjivo vratio u Zagreb s puta u Austriju, dok dr. Šemsudin Hadrović navodi da mu je dojavljeno da se sprema zavjera u Blajburgu. Onda je potplatio neke ljude da mu osiguraju cijelu jednu kompoziciju voza prvo do Augsburga u Njemačkoj, potom do Soluna, a odatle dalje do Istanbula.

Pomenuti autor kaže i da je Sulejmanova kćerka  Zemka tokom posjete Turskoj 1964. godine, u Istanbulu srela mnoge pripadnike Muslimanske milicije.  Svojim povratkom Pačariz je vjerovatno imao za cilj da pokrene gerilski rat protiv novih komunističkih vlasti. Mašović je tada skrivao Pačariza po Zagrebu nekoliko dana dok ovaj nije našao vezu u Kozarcu kod Prijedora. Pošto je Mašović nakon oslobođenja Zagreba bio primljen u Ministarstvo socijalne skrbi NR Hrvatske, postaje član Komisije za repatrijaciju. To mu je omogućilo da Pačarizu pribavi novi identitet pod imenom Selima Ibrahimovića. U stvaranju novog identiteta pomogao mu je i oficir OZNA-e Mujo Redžić. Pod novim imenom, Pačariz je dobio mjesto imama u Kozarcu. Kada ga je komunistička vlast otkrila 1945. ili 1946. (nema pouzdanog podatka, dr. Šemsudin Hadrović navodi 6. januara 1946), Sulejman ef. Pačariz je ubijen najvjerovatnije u bijegu.

U jednom zapisniku kojeg je sačinio Izet Spahić 1951. stoji:

"U bijegu Sulejman hodža je svratio u džamiju da klanja i da se napije vode. Pred džamijom ga je primijetila neka muslimanka i odmah obavijestila partizane. Vidjevši da je otkriven, Sulejman-hodža bježi kroz naselje. Iz jedne kuće izlazi čovjek s puškom pred njega. Oklijeva da ga ubije. Sulejman-hodža mu se obraća riječima 'Ako si katolik, kunem te Isusom, ubij me, opraštam ti moju krv, a ako si pravoslavac kunem te tvojom slavom ubij me, oslobađam te grijeha moje krvi, a ako si musliman kunem te Allahom ubij me, ne daj da me zarobe partizani, halalim ti moju krv'. Nepoznati je podigao pušku i jednim hicem ga riješio života. Oficir UDBA-e koji mu je izdao nove osobne dokumente objesio se sljedećeg dana u strahu od osvete".

Džemail  Halilagić je također pisao o kraju Sulejmana ef. Pačariza. On navodi i drugu verziju po kojoj je ubijen u Počitelju kod Čapljine, kao i treću - da je doživio duboku starost na nepoznatom mjestu.

Danas jedna ulica u Sarajevu nosi njegovo ime.