Odmah po dolasku na vlast 1945. godine komunistički režim uhapsio je Mustafu Busuladžića i po kratkom ga postupku osudio na smrt. U noći 29. juna strijeljan je u sarajevskom naselju Velešići, iza željezničke stanice. Neznani prolaznik na mjestu strijeljanja pronašao je njegove naočale i fes i odnio ih Mustafinim roditeljima. Očevici su svjedočili da je pred pogubljenje bio veoma smiren i da je cijele noći učio Kur'an